Türkiye Büyük Millet Meclisi tarafından 5 Mayıs 2000’de Türkiye’nin 10. Cumhurbaşkanı seçilen Ahmet Necdet Sezer, 28 Ağustos 2007'ye kadar bu görevini sürdürdü. Cumhurbaşkanlığı döneminde tartışmalara neden olan birçok gelişmeye imza atan Sezer, aralarında DHKP/C ve PKK terör örgütleri mensuplarının da bulunduğu isimleri affetmesiyle de gündeme geldi. Sezer, görev süresi boyunca Anayasa'nın 104. maddesinde yer alan "sürekli hastalık, sakatlık ve kocama sebebi ile kişilerin cezalarını hafifletmek veya kaldırmak" hükmü gereğince 259 mahkumu affetti. Affedilenlerden 38’i DHKP/C, 6’sı PKK, 19’u Dev-Sol, 28’i TKP-ML/TİKKO, 26’sı TİKB, 16’sı MLKP, 15’i THKP-C, 42’si de diğer terör örgütleri üyesiyken, diğer mahkumlar ise adi suçlardan hüküm giyenlerden oluşuyordu. Affedilen örgüt üyelerinin tamamına yakınının, cezaevlerindeki açlık grevleri sonrasında "Wernicke-korsakof" hastalığına yakalanan mahkumlar olduğu kayıtlara geçti. Sezer’in affıyla tahliye olan bazı örgüt mensupları terör eylemlerine devam etti. Bu kişilerden bazıları polis ve askerle girdiği çatışmada ölü ele geçirilirken, bazıları da eylemleri nedeniyle hapse mahkum edilerek tekrardan cezaevine gönderildi.
İstanbul Emniyet Müdür Yardımcısı Şakir Koç, 5 Aralık 1991’de aracıyla evine giderken 2 DHKP/C’li terörist tarafından silahlı saldırıya uğradı. Koç ile şoförü polis memuru Vedat Dilmaç şehit oldu. Saldırıyı gerçekleştiren terörist Mustafa Demirer 2 yıl sonra yakalandı. Çıkarıldığı mahkemece müebbet hapis cezasına çarptırıldı. DHKP/C’li terörist Demirer 2003’te Sezer tarafından affedildi.
Yıllara göre Sezer’in af karnesi
Sezer, 2000’de 12, 2001’de ise 15 mahkumu affetti. Bu mahkumların büyük çoğunluğu "uyuşturucu madde satma", "adam öldürme", "tedbirsizlik sonucu bir kişinin ölümüne neden olma" ve "15 yaşından küçük çocuğa tecavüz" suçlarını işleyenlerdi. Aynı yıl affedilenler arasında bir PKK terör örgütü üyesi de bulunuyordu.
Terör örgütlerince cezaevlerinde başlatılan açlık grevleri sonrası af sayısında ciddi artış yaşandı. Sezer, 2002'de 93 mahkumu sağlık sorunları nedeniyle affetti ve bu kişilerden 74'ü silahlı terör örgütü üyesiydi. Sezer’in yine sağlık sorunları nedeniyle 2003’te affettiği 123 mahkumdan 110’u terör örgütü faaliyetlerinde yer aldığı için hapse mahkum edilenlerden oluşuyordu. Bir yıl sonra 2 terör örgütü üyesi daha Sezer affıyla dışarı çıktı.
